Ajaloo, arheoloogia ja kunstiajaloo keskus (AAK) viib läbi uuringuid ajaloo, arheoloogia, kunstiajaloo, etnoloogia ja keskkonnaajaloo vallas. Tegeletakse ka nende distsipliinide endi ajalooga ning mäluajaloo-uuringutega.

Eesti demograafia keskus koondab TLÜ rahvastikuteadlasi. Keskus tegeleb Eesti rahvastikuarengu alusuuringute ning Eesti demograafilise asendi analüüsilise seirega, arendab rahvastikuteaduse andmealuseid koostöös riigi andmekorraldust haldavate institutsioonidega ning levitab rahvastikuteaduslikke põhiteadmisi.

Haridustehnoloogia keskus uurib tehnoloogia arengut, kasutamist ja sellega kohanemist ühiskonnas. Eriti keskendutakse keskuses tehnoloogia kasutamisele hariduses (sh õpikeskkonnad, digipädevused), infokeskkondades ja raamatukogudes (sh teadmusjuhtimine, digikirjaoskus) ning erinevates majandusharudes (sh IKT, tervishoid, ehitus).

Maastiku ja kultuuri keskus ühendab inimgeograafe, ökolooge, folkloriste, etnolooge ja antropolooge, kes uurivad ühiskonnas toimuvaid muutusi ja kultuuriilminguid maastikes. Keskne teema on ruumilised inimeste ja looduskeskkonna vahleised suhted ja nende avaldumise vormid - nii füüsilises keskkonnas kui selle kuvandites (piltidel, tekstides, kaartidel).

Rahvusvaheliste sotsiaaluuringute keskuses (RASI) on kolm uurimisrühma, kes osalevad arvukates Eesti-sisestes ja rahvusvahelistes teadusprojektides. TLÜ RASI uurimisteemad hõlmavad ühiskondliku ebavõrdsuse (või ka kihistumise) erinevaid tahke – sugu, rahvus, vanus, põlvkond, haridus, ametipositsioon. Ühiskondlikud probleemid on väga mitmekesise tagamaaga olles mõjutatud paljudest institutsioonidest samaaegselt, seetõttu on RASI töösse kaasatud erinevate valdkondade asjatundjad: majandusteadlasi, sotsiolooge, kasvatusteadlasi, poliitikateadlasi.

Ökoloogia keskus on TLÜ teadus- ja arendusüksus, mille põhitegevus on loodusteaduslikud alusuuringud loodusteaduste ja tehnika ning bio- ja keskkonnateaduste valdkondades, mille uuringutulemusi juurutatakse teadus-arendusprojektides.