Tallinna Ülikooli humanitaarteaduste instituudi juhtimiskogud on instituudi nõukogu ning selle juures töötavad teadus- ja õppekolleegium. Lisaks on loodud erinevaid komisjone ja nõuandvaid kogusid, mille eesmärk on toetada TÜHI arengut. Kõikide kogude koosseis määratakse aastaks ja muudetakse vastavalt vajadusele jooksvalt (v.a nõukogu koosseis, mis on ametikoha-põhine).

Instituudi nõukogu

Teaduskolleegium

TÜHI uuringufondi nõukogu
Õppekolleegium
Akadeemiline komisjon

Valimiskomisjon

TLÜ kultuuridevaheliste uuringute tippkeskuse nõukogu

Juhatus
21. sajandi humanitaaria töörühm

Mainekujunduse ja populariseerimine töörühm

Õppetöö kaasajastamise töörühm