Rektor vastutab ülikooli üldseisundi ja arengu, eelarve täitmise ja rahaliste vahendite õiguspärase ja otstarbeka kasutamise eest ning otsustab ülikooli tegevusega seotud küsimusi, mis ei ole antud nõukogu ega senati pädevusse. Rektor on aruandekohustuslik nõukogu ja senati ees.

Tallinna Ülikooli rektori kohusetäitja alates 1. septembrist 2020 kuni 14. maini 2021 on professor Priit Reiska, kes täidab sellel perioodil nii rektori kohusetäitja kui ka õppeprorektori ülesandeid.

Tallinna Ülikooli rektori valimine perioodiks 15. mai 2021 – 14. mai 2026 toimub 1. veebruaril 2021. Rektori valib valimiskogu, mille liikmeteks on kõik nõukogu ja senati liikmed, ülikooli korralised professorid ning üliõpilaskonna volikogu valitud üliõpilaste esindajad.